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前身是1960年4月組建的甘孜州衛(wèi)生防疫站，2003年疾控體制改革時組建為甘孜藏族自治州疾病預防控制中心。中心是從事疾病預防控制與公共衛(wèi)生技術管理和服務的公益一類事業(yè)單位，主要承擔轄區(qū)內疾病預防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與控制、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術指導與應用研究7大職能25個類別255項具體工作任務。半個世紀以來，中心認真貫徹“預防為主”的衛(wèi)生工作方針，在各級黨政和衛(wèi)生行政主管部門正確領導和關心支持下，歷經疾控人員的艱辛創(chuàng)業(yè)，勵精圖治、銳意改革、求實奮進、開拓創(chuàng)新，創(chuàng)建了康巴疾控事業(yè)的光輝業(yè)績，走過了康巴疾控事業(yè)從無到有、從小到大并逐步發(fā)展壯大的光輝歷程，為保障群眾身體健康和生命安全做出了積極貢獻。

中心現(xiàn)有職工69人，其中專業(yè)技術人員57人，高級職稱6人。

中心下設辦公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、衛(wèi)生科、檢驗科、質控科七科一室，及工青婦群團組織，是一個藏、漢、回等多民族組成的大家族。

經幾代疾控人的努力，全州傳染病總發(fā)病率有了大幅度下降，建立了從縣到州到省直至國家衛(wèi)生部的傳染病疫情與突發(fā)公共衛(wèi)生事件報告網絡系統(tǒng)和各種疾病專報網絡系統(tǒng)，傳染病監(jiān)測工作得到了進一步加強。通過持續(xù)落實防控措施，鼠疫、包蟲病重大傳染病防治工作取得顯著成效；通過強力推進全州預防接種規(guī)范化、精細化管理工作，疫苗針對傳染病發(fā)病率大幅度下降；全面推行結核病“三位一體”新型防治服務體系，強化病人管理，肺結核發(fā)病率呈現(xiàn)下降趨勢；建立艾滋病“三線一網底”管理機制，防治工作有力推進；持續(xù)開展大骨節(jié)病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效顯著。先后榮獲國家、省、州授予的“先進集體”、“先進科研集體”等榮譽稱號、表彰獎勵70余次，科研成果獎20多項。涌現(xiàn)出一批全國、省、州先進個人、先進工作者和有突出貢獻的專家。

（一）傳染病總發(fā)病率穩(wěn)中有降。進一步健全完善了疫情報告網絡和預警預測制度，傳染病監(jiān)測、報告靈敏度日益提高，報告管理工作質量得到了提高。近年來，隨著包蟲病、結核病、艾滋病等重大疾病防控項目大力推進，全州落實綜合防控、強化監(jiān)測、狠抓質量，在切實加大傳染病發(fā)現(xiàn)和報告力度的情況下，傳染病總發(fā)病率仍然呈現(xiàn)出穩(wěn)中有降的趨勢。

（二）免疫規(guī)劃取得階段性成效。實現(xiàn)了消滅天花、消滅脊髓灰質炎目標。1995年以來未報告脊灰病例，約保護30萬兒童免于發(fā)病、死亡或殘疾。近年來，全州高度重視接種安全，強力推進精細管理，切實加強督促指導，對保護兒童健康，減輕家庭和社會負擔、促進社會穩(wěn)定和經濟繁榮起到了重要作用。

（三）重大傳染病防治成效顯著。

鼠疫防治：多次成功舉辦全省鼠疫現(xiàn)場培訓和人間鼠疫應急處置演練，得到國家、省專家高度評價，成為四川省鼠疫應急演練的典范和模板。2016年，鼠疫防治甲級重點專科通過省級驗收評審并授牌，標志著我州鼠疫防治走在全省前列。

結核病防治：全面推行結核病控制策略，健全、完善了結核病防治服務體系，防治工作取得了積極成效。

包蟲病防治：掌握了全州流行情況，總結多年有益防治經驗，編制了《甘孜藏族自治州包蟲病綜合防治工程規(guī)劃》，為推進甘孜州、四川省乃至國家包蟲病防治工作進程提供了參考和借鑒，防治效果初步顯現(xiàn)。

艾滋病防治：目前疫情在全省處于低流行區(qū)。

乙肝防治：2002年乙肝疫苗納入計劃免疫以來，約保護20萬人免于發(fā)病，避免直接經濟損失約20億元。乙肝疫苗預防接種取得明顯效果。

（四）健康危害因素監(jiān)測再上臺階。近年來，州疾控中心努力克服人員量少質弱、設備陳舊老化等重重困難，從無到有，著力完善健康危害因素監(jiān)測體系，通過計量認證檢測項目250項、食品檢驗機構認證項目158項，建立和完善了全州食品與飲水監(jiān)測體系，實現(xiàn)了職業(yè)衛(wèi)生與放射監(jiān)測零突破，在環(huán)境衛(wèi)生、學校衛(wèi)生、食品衛(wèi)生服務等方面再上新臺階，提高了全州健康危害因素監(jiān)測水平。

（五）突發(fā)公共衛(wèi)生事件大幅下降。“十二五”期間，我州突發(fā)公共衛(wèi)生事件報告數(shù)較“十一五”期間下降了80％以上。