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重慶市疾病預防控制中心（以下簡稱中心）成立于2000年12月，為全額撥款的副廳（局）級公益一類事業(yè)單位，增掛重慶市救災防病應急處理中心、國家食品安全風險監(jiān)測重慶中心等牌子，2023年12月增掛重慶市預防醫(yī)學科學院，系多所高等院校教學實習基地、研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、國家現(xiàn)場流行病學培訓基地、重慶市生物安全培訓基地、全市疾控系統(tǒng)進修培訓基地和重慶市公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓基地。
中心以“開展疾病預防控制，提高公共衛(wèi)生能力，保障人民健康”為宗旨，主要承擔疾病預防與控制、消毒與病媒生物控制、免疫規(guī)劃、突發(fā)公共衛(wèi)生事件預防控制、健康危害因素監(jiān)測評價和干預、食品安全風險監(jiān)測與食源性疾病控制、公眾健康和營養(yǎng)狀況監(jiān)測與評價等13項職責任務，內(nèi)設(shè)行政辦公室、黨委辦公室、科技信息處、人事處、資產(chǎn)管理處和應急處理辦公室6個職能處室和傳染病預防控制所、免疫規(guī)劃所、性病艾滋病預防控制所、地方病與寄生蟲病預防控制所、慢性非傳染性疾病預防控制所、消毒與媒介生物控制所、公共衛(wèi)生安全與監(jiān)測所、理化與衛(wèi)生毒理檢測所、微生物檢測所9個專業(yè)所。
中心核定事業(yè)編制279個，其中專業(yè)技術(shù)人員229人、占比86.4％；博士研究生16人，碩士研究生112人，碩博士占比達50％；正高職稱40人，副高職稱76人，高級職稱占比50.7％。2023年底中心搬遷新址，占地146畝，緊鄰蘭海高速，總面積4.5萬m2（不含地下車庫），人均161m2，其中實驗室面積近2萬m2。中心儀器設(shè)備總值達3億元，取得國家級檢驗檢測機構(gòu)資質(zhì)認定12大類、95小類、1526項參數(shù)；取得中國合格評定國家認可委員會（CNAS）實驗室認可12大類、95小類、1488項參數(shù)。中心目前擁有的檢驗檢測儀器設(shè)備總值和實驗室認可參數(shù)在西南地區(qū)均位居第一。中心是西部地區(qū)唯一完成遷建的省級疾控中心，擁有2萬m2實驗室及動物房，面積位居西部第一。中心已經(jīng)配備了超高效液相色譜串聯(lián)高分辨質(zhì)譜2臺，高分辨Orbitrap氣質(zhì)聯(lián)用儀1臺等高精尖設(shè)備，也是西部地區(qū)中唯一配備實時直接分析（DART）質(zhì)譜離子源、MT50現(xiàn)場便攜式多級質(zhì)譜系統(tǒng)的省級疾控中心。
中心擁有1個固定BSL-3實驗室和2個移動BSL-2實驗室，具備新冠病毒、高致病性禽流感病毒、鼠疫耶爾森菌、埃博拉出血熱病毒和猴痘病毒（已通過評審）等病原微生物實驗活動資格，建成病原體測序溯源平臺和國家級流感、致病菌識別網(wǎng)絡(luò)實驗室，在全國率先分離出新冠病毒德爾塔變異毒株，在中國大陸地區(qū)首次檢測出猴痘病毒，是全國首批開展蜱傳疾病專項監(jiān)測的工作單位。
黨的十八大以來，重慶市大力實施健康中國戰(zhàn)略。在市委市政府的高度重視和一系列政策強力支持下，中心高質(zhì)量發(fā)展快速推進，初步建成基礎(chǔ)設(shè)施完善、儀器裝備精良、檢測技術(shù)精準、專業(yè)素養(yǎng)精湛的現(xiàn)代化省級疾病預防控制機構(gòu)。近10年特別是新冠疫情暴發(fā)以來，中心充分發(fā)揮專業(yè)技術(shù)優(yōu)勢，快速高效處置包括新冠疫情在內(nèi)的各類突發(fā)公共衛(wèi)生事件，三年抗擊新冠疫情取得決定性勝利，在國家新冠疫情防控轉(zhuǎn)段前，重慶市所有新冠疫情在一個潛伏期內(nèi)得到有效控制；同時積極響應國家號召，多次奔赴其他省市和國外參與重大疫情和突發(fā)災害的應急處置，獲得各級領(lǐng)導和同行的高度贊譽。中心先后榮獲國務院“全國民族團結(jié)進步模范集體”、中華全國總工會“抗震救災重建家園工人先鋒號”、中華全國婦女聯(lián)合會“抗擊新冠肺炎疫情全國三八紅旗集體稱號”、國家衛(wèi)生健康委“敬老文明號”、國家衛(wèi)生健康委“全國消除瘧疾工作先進集體”、國艾辦“2017年戒毒維持治療全國優(yōu)秀省級工作組”、中共重慶市委重慶市人民政府“重慶市抗擊新冠肺炎疫情先進集體”，以及中國共產(chǎn)黨中央委員會“全國抗擊新冠肺炎疫情先進個人”、國務院食品安全委員會“全國食品安全工作先進個人”、中共重慶市委重慶市人民政府“重慶市抗擊新冠肺炎疫情先進個人”、共青團中央“全國向上向善好青年”、中共湖北省委員會湖北省人民政府“最美逆行者”、中華全國婦女聯(lián)合會“新冠肺炎全國三八紅旗手”、國家衛(wèi)生健康委員會“中國好醫(yī)生、好護士”等國家及省部級集體和個人榮譽20多項。