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為全面體現(xiàn)政府公共衛(wèi)生職能，適應(yīng)疾病譜和醫(yī)學(xué)模式改變，擴(kuò)大疾病預(yù)防控制功能，增強(qiáng)城市公共衛(wèi)生應(yīng)急能力，優(yōu)化衛(wèi)生防病資源，提高公共衛(wèi)生科技水平，1998年11月，在市委、市政府的重視下，上海按照預(yù)防歸口、綜合管理、網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)一、上下對(duì)口、機(jī)構(gòu)整合、功能重組的原則，在原上海市防疫站基礎(chǔ)上，實(shí)質(zhì)性合并市勞動(dòng)衛(wèi)生職業(yè)病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結(jié)核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，在全國范圍內(nèi)率先組建成立了第一個(gè)省級(jí)疾病預(yù)防控制中心——上海市疾病預(yù)防控制中心，同時(shí)掛牌成立了上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究院。
上海市疾病預(yù)防控制中心是履行市政府公共衛(wèi)生職能的專業(yè)技術(shù)機(jī)構(gòu)，集疾病預(yù)防控制與應(yīng)急、監(jiān)測(cè)檢驗(yàn)與評(píng)價(jià)、應(yīng)用科研與指導(dǎo)、技術(shù)管理與服務(wù)、綜合防治與健康促進(jìn)為一體，旨在預(yù)防和控制危險(xiǎn)因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質(zhì)量。在繼續(xù)加強(qiáng)傳染病預(yù)防控制的同時(shí)，積極開展對(duì)慢性非傳染性疾病和健康危害因素的預(yù)防控制，重點(diǎn)加強(qiáng)疾病預(yù)防的技術(shù)決策、信息綜合、防治實(shí)施、應(yīng)用研究和預(yù)防服務(wù)等功能。
在城市公共衛(wèi)生安全保障方面，中心率先建成國家突發(fā)急性傳染病防控應(yīng)急隊(duì)，開展公共衛(wèi)生苗子事件監(jiān)測(cè)處置，建立傳染病癥候群、病原綜合監(jiān)測(cè)系統(tǒng)，開展空氣、飲用水、食品、職業(yè)、放射等全領(lǐng)域健康危害因素監(jiān)測(cè)與評(píng)估。在人群健康服務(wù)管理方面，率先建成“五碼聯(lián)動(dòng)”疫苗全程追溯管理系統(tǒng)，兒童免疫規(guī)劃疫苗接種率始終維持在98％以上，實(shí)施老年人肺炎疫苗、兒童水痘疫苗免費(fèi)接種；建立疾控中心、定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)和社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心“三位一體”的結(jié)核病、艾滋病管理模式；率先實(shí)現(xiàn)“以人為核心”的主要慢性病整合健康管理模式，慢性病規(guī)范管理率穩(wěn)步提升，實(shí)施社區(qū)居民大腸癌篩查，腫瘤登記質(zhì)量達(dá)到國際先進(jìn)水平。
中心（含市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究院）編制數(shù)903個(gè)。2022年底，實(shí)際在編人員728名，其中專業(yè)技術(shù)人員702名，占96％。專業(yè)技術(shù)人員中，高級(jí)職稱人員占30％，中級(jí)職稱人員占34％，初級(jí)及未定級(jí)人員占36％；研究生學(xué)歷占51％，本科學(xué)歷占44％。
近年來，中心不斷加強(qiáng)疾病預(yù)防控制能力建設(shè)，全面達(dá)成“十三五”發(fā)展規(guī)劃各項(xiàng)工作目標(biāo)，圓滿完成上海市第五輪公共衛(wèi)生體系建設(shè)三年行動(dòng)計(jì)劃，提升公共衛(wèi)生風(fēng)險(xiǎn)綜合監(jiān)測(cè)預(yù)警能力和應(yīng)急管理能力，提升新發(fā)突發(fā)傳染病戰(zhàn)時(shí)綜合檢測(cè)能力、溯源能力、預(yù)警和響應(yīng)能力，推動(dòng)“以人為核心”的全程健康管理模式轉(zhuǎn)變，增強(qiáng)慢性病綜合服務(wù)管理能力，深化健康危險(xiǎn)因素監(jiān)測(cè)干預(yù)，打造公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)的“上海模式”。持續(xù)加快學(xué)科建設(shè)步伐，建設(shè)大數(shù)據(jù)與人工智能運(yùn)用、病原微生物與生物安全、災(zāi)難醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生應(yīng)急管理、傳染病學(xué)、流行病學(xué)、食品與營養(yǎng)衛(wèi)生學(xué)、環(huán)境衛(wèi)生學(xué)、勞動(dòng)衛(wèi)生學(xué)、核醫(yī)學(xué)與放射衛(wèi)生學(xué)和衛(wèi)生檢驗(yàn)學(xué)等重點(diǎn)學(xué)科。持續(xù)加強(qiáng)實(shí)驗(yàn)室能力建設(shè)，中心現(xiàn)有3個(gè)世界衛(wèi)生組織認(rèn)可的實(shí)驗(yàn)室，分別為國家級(jí)艾滋病病毒耐藥監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室，脊灰亞國家實(shí)驗(yàn)室，麻疹/風(fēng)疹亞國家實(shí)驗(yàn)室；7個(gè)省部級(jí)實(shí)驗(yàn)室，分別為上海市艾滋病研究中心、國家食品安全監(jiān)測(cè)農(nóng)藥參比實(shí)驗(yàn)室、國家致病菌識(shí)別網(wǎng)上海市中心實(shí)驗(yàn)室、國家副溶血性弧菌實(shí)驗(yàn)室、國家化妝品監(jiān)測(cè)評(píng)價(jià)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家食品復(fù)檢機(jī)構(gòu)、國家環(huán)境保護(hù)新型污染物環(huán)境健康影響評(píng)價(jià)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。持續(xù)開展實(shí)驗(yàn)室能力變更及擴(kuò)項(xiàng)評(píng)審，現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)檢測(cè)能力覆蓋20大類，通過CNAS參數(shù)2650項(xiàng)，通過CMA參數(shù)2547項(xiàng)。二噁英和農(nóng)藥殘留檢測(cè)能力達(dá)到國際先進(jìn)水平，人體生物監(jiān)測(cè)達(dá)到國內(nèi)領(lǐng)先水平。建成本市新冠病毒公共檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室，檢測(cè)能力增至1.5萬份/日，做到“一錘定音”。積極整合國際國內(nèi)的資源，推進(jìn)與國內(nèi)外公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的合作與交流，推進(jìn)公共衛(wèi)生學(xué)科發(fā)展、人才培養(yǎng)和業(yè)務(wù)水平的提升，建設(shè)博士后科研工作站，推進(jìn)全市公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)，大力培養(yǎng)具有國際視野的公共衛(wèi)生人才隊(duì)伍。
上海市疾病預(yù)防控制中心將著眼于落實(shí)“健康中國”“健康上海”戰(zhàn)略，對(duì)照市委市政府《關(guān)于完善重大疫情防控體制機(jī)制健全公共衛(wèi)生應(yīng)急管理體系的若干意見》及相關(guān)配套文件精神和工作要求，繼續(xù)秉承“曲突徙薪、博學(xué)明道、方寸納海、健康為上”的疾控精神，全力推進(jìn)疾控體系現(xiàn)代化建設(shè)，努力打造一流硬件、聚集一流人才、掌握一流技術(shù)、具備一流能力，向建成與“卓越的全球城市”功能定位相匹配、與“全球公共衛(wèi)生最安全的城市之一”的目標(biāo)相適應(yīng)、國內(nèi)領(lǐng)先、國際先進(jìn)的疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)的目標(biāo)邁進(jìn)。