民航總醫(yī)院始建于1982年，2010年中國民用航空醫(yī)學中心與民航總醫(yī)院合并運行，實行一個機構兩塊牌子。合并后機構名稱為中國民用航空局民用航空醫(yī)學中心（民航總醫(yī)院）。中心（醫(yī)院）位于北京市朝陽區(qū)東四環(huán)與五環(huán)之間，毗鄰朝陽路和京通快速路，占地面積4.6萬平方米，建筑面積11.5萬平方米，是一所設備先進、服務優(yōu)良、具有航空醫(yī)學特色的發(fā)展中的三級綜合醫(yī)院，承擔北京市東部地區(qū)居民和民航在京干部職工的醫(yī)療保健工作，是全國民航唯一一家三級綜合醫(yī)院、三級航空人員體檢鑒定機構，國際航空航天醫(yī)學會的唯一一家中國委員單位，是中國民用航空醫(yī)學的主要研究機構和教育培訓機構，中國民航局醫(yī)學相關政策法規(guī)制定的技術支持和保障單位。
民航醫(yī)學中心（民航總醫(yī)院）下設臨床醫(yī)學部、航空人員體檢鑒定所、航空醫(yī)學研究所和培訓部（民用航空醫(yī)學系），在職職工1600余人，設有21個病區(qū)、39個臨床醫(yī)技科室，民航局批復床位1045張，實際開放930張，年門急診量超過150萬人次，年出院病人3萬人次，年手術量達1.3萬臺。承擔全國民航系統(tǒng)航空人員體檢鑒定、航空醫(yī)學研究及全國民用航空醫(yī)學培訓工作；承擔多項國家級、省部級科研課題研究工作。
目前，醫(yī)院在心血管疾病介入治療、快速心律失常射頻消融術、生理性起搏、血液透析及血液凈化、高危妊娠診治、瘢痕妊娠腹腔鏡聯合治療、腹腔鏡微創(chuàng)手術、椎間盤突出治療和關節(jié)置換、輸尿管軟鏡技術、泌尿系結石及前列腺疾病治療、內鏡下消化道微創(chuàng)手術等方面具有先進水平。兒科在過敏性鼻炎、過敏性哮喘的預防診治和慢病管理方面取得較好成績。
內科設有13個專業(yè)：心內科、呼吸內科、戒煙門診、消化腫瘤科、神經內科、記憶障礙、腎內科、透析門診、內分泌科、風濕免疫科、老年醫(yī)學科、民航職工門診、營養(yǎng)科；外科14個專業(yè)：普外科、創(chuàng)面外科、肝膽外科、肛腸外科、骨科、運動醫(yī)學科、泌尿外科、男科門診、神經外科、心胸外科、腺體外科、整形美容科、血管外科、疝外科；婦產科12個專業(yè)：婦科、產科、計生流產關愛門診、陰道鏡門診、生育咨詢和優(yōu)生優(yōu)育門診、產前篩查和咨詢門診、產褥期保健門診、婦科內分泌與不孕癥門診、圍產期保健門診、妊娠營養(yǎng)門診、盆底康復門診、更年期保健門診；兒科7個專業(yè)：新生兒、小兒消化、小兒呼吸、小兒心臟病、小兒內分泌、小兒傳染病、兒童保健；眼科、耳鼻咽喉頭頸外科、口腔科、皮膚科、中醫(yī)科、中醫(yī)針灸科、感染疾病科、急診內科、急診神經內科、急診外科、急診骨科、血管介入科、麻醉科、疼痛科、康復理療科等科室也均設有相應的亞專業(yè)；醫(yī)技科室7個，包括放射科、核醫(yī)學科、檢驗科、藥劑科、超聲醫(yī)學科、病理科、高低壓氧科等科室。設有GE 3.0T核磁、256排Revolution能譜CT、西門子、飛利浦平板血管造影機、SPECT、高低溫高低壓一體氧艙、層流手術室、全自動生化分析儀和全自動化學發(fā)光免疫分析儀等大型醫(yī)療設備設施。擁有現代化的自助繳費系統(tǒng)、自動采血系統(tǒng)、自動擺藥系統(tǒng)、物流轉運系統(tǒng)和后勤保障系統(tǒng)。多個科研項目獲批民航局級科研課題立項，并獲得首發(fā)基金和國家自然科學基金、北京市自然科學基金的資助。醫(yī)院為首都文明單位，全國百姓放心示范醫(yī)院，中央國家機關平安單位，首都平安示范醫(yī)院，朝陽區(qū)危重孕產婦救治中心，綜合防治卒中中心。
我們是通過國家教育部評估的北京大學臨床教學醫(yī)院，一直承擔著北京大學醫(yī)學部臨床醫(yī)學專業(yè)本科生、研究生的教學和臨床實踐工作，其中心血管、耳鼻咽喉科學、臨床檢驗診斷學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、內分泌與代謝病等專業(yè)是北京大學醫(yī)學部碩士研究生培養(yǎng)點，外科、內科是北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，透析中心是北京市透析技術培訓基地，婦產科和放射科是朝陽區(qū)孕產婦急救網絡產科出血定點救治中心，各學科在相應的領域均發(fā)揮著重要的作用。同時還是民用航空醫(yī)學研究重點實驗室、民航科技創(chuàng)新應用技術開發(fā)型科研院所、民航科教創(chuàng)新攻關聯盟第一屆成員單位、民航局認可的全國民用航空醫(yī)學人才培養(yǎng)基地，下設民用航空醫(yī)學系、民用航空體檢醫(yī)師培訓基地、民用航空醫(yī)師臨床進修基地，持續(xù)提高全國民用航空醫(yī)學從業(yè)人員的技術水平。
我們是國際航空航天醫(yī)學會委員單位，下設的民用航空人員體檢鑒定所是全民航唯一一家航空人員三級體檢鑒定機構，肩負著保障航空人員健康，完善中國民航醫(yī)學體系建設，保障民航飛行安全的重任，同時還承擔著全民航特許鑒定、外籍招飛以及延飛等任務。航空醫(yī)學研究所設立航空公共衛(wèi)生、毒理藥理和心理三個研究室，培養(yǎng)鍛煉了一批高素質的航空醫(yī)學研究人才。為民航突發(fā)公共衛(wèi)生事件應對、毒品藥品監(jiān)管、心理健康篩查等各項重大保障工作提供技術支撐。其中航空毒理藥理和航空環(huán)境兩個實驗室獲得了中國合格評定委員會（CNAS）認可、國家認證認可委員（CMA）認證和司法鑒定機構的資質認定。2018年獲批民航首批重點實驗室、科技創(chuàng)新應用型研究院所。
“服務民航，面向社會”是我們的宗旨。多年來，我們一直倡導“醫(yī)院發(fā)展以員工為中心，醫(yī)療服務以病人為中心”的辦院理念，始終堅持“以普通醫(yī)學為基礎，以航空醫(yī)學為引領”的發(fā)展方向，努力打造作風過硬、素質精良的醫(yī)護團隊，塑造以人為本、優(yōu)質高效的服務品牌，以精益求精的態(tài)度和無私博愛的胸懷，向一流隊伍、一流管理、一流技術、一流服務的現代化綜合醫(yī)院和具有國際水平的中國民用航空醫(yī)學中心的奮斗目標邁進。