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上海交通大學醫(yī)學院附屬上海兒童醫(yī)學中心由上海市人民政府與世界健康基金會于上世紀九十年代立項建設，1998年正式建成對外開放。時任國家主席江澤民為醫(yī)院題寫院名，時任美國總統(tǒng)夫人希拉里?克林頓女士為醫(yī)院開張剪彩。醫(yī)院是國家首批“211工程”、“985工程”及“雙一流”兒科重點建設學科，2017年醫(yī)院獲批成為國家兒童醫(yī)學中心。
醫(yī)院擁有31個臨床科室，規(guī)劃床位規(guī)模1500張，實際開放788張，是我國兒童先心病、血液/腫瘤和發(fā)育行為兒科領域最高水平的中心之一，擁有8個國家重點學科、國家臨床重點�？疲�設有國家衛(wèi)健委兒童血液腫瘤重點實驗室、上海市臨床分子診斷重點實驗室、上海市罕見病臨床研究中心、上海市小兒心血管病研究所等一批省部級重點實驗室、研究所及上海交通大學兒童醫(yī)學中心兒科臨床醫(yī)學院。同時，醫(yī)院與十多個國家的三十多個國際頂尖醫(yī)療機構建立了姐妹合作關系，分別組建了8個國際聯(lián)合實驗室/中心/基地。2010年成為國內首家通過JCI國際醫(yī)院認證的兒童�？漆t(yī)院；2018年問鼎上海市政府質量金獎；先后以第一單位（或第一合作單位）獲得國家科技進步獎8項（占全國兒童醫(yī)院獲獎總數(shù)一半以上）；于2017年起蟬聯(lián)全國文明單位稱號。
近年來醫(yī)院醫(yī)教研等各項事業(yè)取得了飛速發(fā)展，主要有：
1.打造國家級兒童疑難危重癥診治中心。醫(yī)院住院患者覆蓋全國極大部分省市，市外就診患者占70％以上，疾病難度指數(shù)（CMI）連續(xù)多年位列上海市三級甲等醫(yī)院前列，在2019年國家衛(wèi)健委績效“國考”中綜合得分位列全國兒童�？漆t(yī)院第一，CMI指數(shù)榮登榜首。
2.構建我國兒童重大疾病登記與監(jiān)測平臺。醫(yī)院搭建了五大重大疾病登記系統(tǒng)，尤其是兒童白血病登記管理系統(tǒng)已經(jīng)上升為國家衛(wèi)健委兒童重大疾病登記監(jiān)測中心，目前覆蓋全國31個省市、自治區(qū)（建設兵團），511家醫(yī)院，登記在冊病例信息近5萬例，自2020年起發(fā)布《中國兒童白血病年報》。
3.推動科技創(chuàng)新與成果轉化。近五年累計獲得國家自然科學基金125項，項目數(shù)位列全國兒童�？漆t(yī)院第一，先后以第一作者/通訊作者單位在Lancet、NatureMedicine、JAMAOncology、NatureCommunication、NatureGenetic等國際高水平期刊發(fā)表大于10分論著18篇，以CAR-T細胞治療等為代表的若干科技成果實現(xiàn)技術轉讓。
4.牽頭國內�？坡�(lián)盟和醫(yī)聯(lián)體建設。醫(yī)院先后組建上海東部兒科醫(yī)療聯(lián)合體覆蓋本市85家區(qū)域醫(yī)院、跨省醫(yī)療聯(lián)合體55家，組建國家兒童醫(yī)學中心�？坡�(lián)盟5個專業(yè)，全面托管福建省兒童醫(yī)院和三亞婦兒醫(yī)院，合作共建國家區(qū)域醫(yī)療中心。
5.踐行國家“一帶一路”倡議。醫(yī)院分別與美國、法國、以色列、瑞典、日本、新加坡等簽訂合作共建協(xié)議，成立7個聯(lián)合實驗室、中心。與此同時，醫(yī)院踐行“一帶一路”倡議，分別支持與幫助阿富汗、南非、孟加拉、塞爾維亞、老撾等兒科專業(yè)建設和慈善幫扶。
2020年12月31日，國家兒童醫(yī)學中心張江院區(qū)破土動工。張江新院區(qū)將瞄準國際發(fā)展前沿，與比鄰的復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院、上海質子重離子醫(yī)院等高水平醫(yī)院一起構建全生命周期、全現(xiàn)代醫(yī)療技術、面向國內外的一流腫瘤診治高地，將打造成為“上海版MDANDERSON”。與此同時，也將與現(xiàn)有的兒中心陸家嘴院區(qū)實行一體化聯(lián)動發(fā)展，立足上海、服務全國、面向世界，打造最具品質的兒科、最有溫度的醫(yī)院、最富貢獻的國家兒童醫(yī)學中心。