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上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬上海兒童醫(yī)學(xué)中心由上海市人民政府與世界健康基金會(huì)于上世紀(jì)九十年代立項(xiàng)建設(shè)，1998年正式建成對(duì)外開(kāi)放。時(shí)任國(guó)家主席江澤民為醫(yī)院題寫(xiě)院名，時(shí)任美國(guó)總統(tǒng)夫人希拉里?克林頓女士為醫(yī)院開(kāi)張剪彩。醫(yī)院是國(guó)家首批“211工程”、“985工程”及“雙一流”兒科重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，2017年醫(yī)院獲批成為國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心。
醫(yī)院擁有31個(gè)臨床科室，規(guī)劃床位規(guī)模1500張，實(shí)際開(kāi)放788張，是我國(guó)兒童先心病、血液/腫瘤和發(fā)育行為兒科領(lǐng)域最高水平的中心之一，擁有8個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，設(shè)有國(guó)家衛(wèi)健委兒童血液腫瘤重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、上海市臨床分子診斷重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、上海市罕見(jiàn)病臨床研究中心、上海市小兒心血管病研究所等一批省部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、研究所及上海交通大學(xué)兒童醫(yī)學(xué)中心兒科臨床醫(yī)學(xué)院。同時(shí)，醫(yī)院與十多個(gè)國(guó)家的三十多個(gè)國(guó)際頂尖醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立了姐妹合作關(guān)系，分別組建了8個(gè)國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室/中心/基地。2010年成為國(guó)內(nèi)首家通過(guò)JCI國(guó)際醫(yī)院認(rèn)證的兒童專(zhuān)科醫(yī)院；2018年問(wèn)鼎上海市政府質(zhì)量金獎(jiǎng)；先后以第一單位（或第一合作單位）獲得國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)8項(xiàng)（占全國(guó)兒童醫(yī)院獲獎(jiǎng)總數(shù)一半以上）；于2017年起蟬聯(lián)全國(guó)文明單位稱(chēng)號(hào)。
近年來(lái)醫(yī)院醫(yī)教研等各項(xiàng)事業(yè)取得了飛速發(fā)展，主要有：
1.打造國(guó)家級(jí)兒童疑難危重癥診治中心。醫(yī)院住院患者覆蓋全國(guó)極大部分省市，市外就診患者占70％以上，疾病難度指數(shù)（CMI）連續(xù)多年位列上海市三級(jí)甲等醫(yī)院前列，在2019年國(guó)家衛(wèi)健委績(jī)效“國(guó)考”中綜合得分位列全國(guó)兒童專(zhuān)科醫(yī)院第一，CMI指數(shù)榮登榜首。
2.構(gòu)建我國(guó)兒童重大疾病登記與監(jiān)測(cè)平臺(tái)。醫(yī)院搭建了五大重大疾病登記系統(tǒng)，尤其是兒童白血病登記管理系統(tǒng)已經(jīng)上升為國(guó)家衛(wèi)健委兒童重大疾病登記監(jiān)測(cè)中心，目前覆蓋全國(guó)31個(gè)省市、自治區(qū)（建設(shè)兵團(tuán)），511家醫(yī)院，登記在冊(cè)病例信息近5萬(wàn)例，自2020年起發(fā)布《中國(guó)兒童白血病年報(bào)》。
3.推動(dòng)科技創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)化。近五年累計(jì)獲得國(guó)家自然科學(xué)基金125項(xiàng)，項(xiàng)目數(shù)位列全國(guó)兒童專(zhuān)科醫(yī)院第一，先后以第一作者/通訊作者單位在Lancet、NatureMedicine、JAMAOncology、NatureCommunication、NatureGenetic等國(guó)際高水平期刊發(fā)表大于10分論著18篇，以CAR-T細(xì)胞治療等為代表的若干科技成果實(shí)現(xiàn)技術(shù)轉(zhuǎn)讓。
4.牽頭國(guó)內(nèi)專(zhuān)科聯(lián)盟和醫(yī)聯(lián)體建設(shè)。醫(yī)院先后組建上海東部?jī)嚎漆t(yī)療聯(lián)合體覆蓋本市85家區(qū)域醫(yī)院、跨省醫(yī)療聯(lián)合體55家，組建國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心專(zhuān)科聯(lián)盟5個(gè)專(zhuān)業(yè)，全面托管福建省兒童醫(yī)院和三亞婦兒醫(yī)院，合作共建國(guó)家區(qū)域醫(yī)療中心。
5.踐行國(guó)家“一帶一路”倡議。醫(yī)院分別與美國(guó)、法國(guó)、以色列、瑞典、日本、新加坡等簽訂合作共建協(xié)議，成立7個(gè)聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中心。與此同時(shí)，醫(yī)院踐行“一帶一路”倡議，分別支持與幫助阿富汗、南非、孟加拉、塞爾維亞、老撾等兒科專(zhuān)業(yè)建設(shè)和慈善幫扶。
2020年12月31日，國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心張江院區(qū)破土動(dòng)工。張江新院區(qū)將瞄準(zhǔn)國(guó)際發(fā)展前沿，與比鄰的復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、上海質(zhì)子重離子醫(yī)院等高水平醫(yī)院一起構(gòu)建全生命周期、全現(xiàn)代醫(yī)療技術(shù)、面向國(guó)內(nèi)外的一流腫瘤診治高地，將打造成為“上海版MDANDERSON”。與此同時(shí)，也將與現(xiàn)有的兒中心陸家嘴院區(qū)實(shí)行一體化聯(lián)動(dòng)發(fā)展，立足上海、服務(wù)全國(guó)、面向世界，打造最具品質(zhì)的兒科、最有溫度的醫(yī)院、最富貢獻(xiàn)的國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心。